由于木托盘采用天然木材制成，而原木中经常会含有的各种各样的虫害，这些虫害会隐藏在木托盘内部的虫眼中，若不进行除害处理，他们会从木托盘上爬出来，进而对木托盘上所承载的货物造成污染。尤其是在木托盘被用来装载食品、医药品等物资时，若不对木托盘进行熏蒸除害处理，这些虫害就会对食品和药品造成严重污染，因此，对木托盘进行熏蒸除害处理，以除去木托盘中可能含有的各种虫害就显得尤为必要。
另外，国际植物保护公约协会也规定，凡是出口木托盘、出口木箱等出口木质包装必须进行熏蒸除害处理，以防止木托盘等木质包装中所含有的虫害破坏其他国家的树木森林资源。