任何一种元素的缺少都会影响到作物的正常生长发育，例如，缺氮会导致植株矮小细弱，叶呈黄绿、黄橙等非正常绿色，严重缺氮时，作物显著早衰并早熟，产量显著下降，只有通过增施氮肥，才能减轻其危害。
由于一种肥料常有多种属性，除上述分类外，还有常见的其他分类方法：按肥料物理状态可分为固体和流体肥料。固体肥料又分为粉状和粒状肥料。流体肥料是常温常压下呈液体状态的肥料。
有机肥料包括有机氮肥、合成有机氮肥等。中国习惯使用的有人畜禽粪尿、绿肥、厩肥、堆肥、沤肥和沼气肥等。有机无机肥料即半有机肥料，是有机肥料与无机肥料通过机械混合或化学反应而成的肥料。
现代农业生产中，比较常用的微肥从原料上区分，主要分为无机态、有机态两种，铜、锰、锌一般以无机盐的形式存在，硼和钼本身为有机物，而有机原料又分为有机的、络合的、螯合的几种。