牛皮纸档案盒在功能和用途上有着细致的分类。从用途角度，常见的有文书档案盒、科技档案盒、会计档案盒等。文书档案盒主要用于存放各类公文、文件、信函等文字材料，其设计注重文件的规整放置与便捷查找。科技档案盒则针对科技研发、工程建设等领域的技术图纸、实验报告等档案，这类档案盒通常在尺寸和结构上会考虑到图纸的大小和折叠方式，方便图纸的收纳与展开。会计档案盒用于存放会计凭证、账簿、报表等财务资料，会有专门的隔层或分区设计，便于分类整理和管理。

根据档案盒的结构差异，又可分为有扣式和无扣式。有扣式牛皮纸档案盒，配备金属扣或塑料扣，能将盒盖牢固地固定在盒体上，防止文件意外散落，适合存放重要且需长期保存的档案。无扣式则相对简洁，开合方便，适用于频繁取用的档案资料。此外，还有带标签栏的档案盒，方便使用者在标签上标注档案内容、编号等信息，提案检索效率。